Thøger blev gift med Thyra Bolette Emilie C. Kipnasse Paludan den 10 sep. 1904. Thyra (datter af Johan Kipnasse Paludan og Emma Hansine Torp) blev født den 3 dec. 1872; døde den 6 jan. 1961. [Gruppeskema] [Familietavle]
Peder blev gift med Kirsten Thøgersen. [Gruppeskema] [Familietavle]