Johannes blev gift med Ellen Mule Monrad den 25 nov. 1795. Ellen blev født den 17 okt. 1767 i København; døde den 6 jan. 1817 i København. [Gruppeskema] [Familietavle]
Børn:
Carl Wilhelm Bergsøe blev født den 7 jun. 1800 i København; døde den 23 nov. 1861 i København.
Adolph Frederik Bergsøe blev født den 7 jan. 1806 i København (Frue); døde den 16 jan. 1854 i København (Helligånds s.).